Согласно изменениям, внесенным Законом РК от 10 декабря 2020 года № 382-VI в статью 412 Налогового кодекса, с 1 апреля 2021 года расширяется перечень лиц, обязанных оформлять счет-фактуру.
Так, при совершении оборота по реализации товаров, работ, услуг обязаны выписать счет-фактуру:
1) плательщики налога на добавленную стоимость, состоящие на регистрационном учете по НДС;
2) налогоплательщики в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в целях реализации международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан;
3) комиссионер, не являющийся плательщиком налога на добавленную стоимость, в случаях, установленных статьей 416 Налогового кодекса;
4) экспедитор, не являющийся плательщиком налога на добавленную стоимость, в случаях, установленных статьей 415 Налогового кодекса;
5) налогоплательщики в случае реализации импортированных товаров;
6) структурное подразделение уполномоченного органа в области государственного материального резерва при выпуске им товаров из государственного материального резерва.
7) налогоплательщики, не являющиеся плательщиками налога на добавленную стоимость, в случае реализации товаров, которые поступили в модуль «Виртуальный склад» информационной системы электронных счетов-фактур к таким налогоплательщикам;
8) юридические лица-резиденты (за исключением государственных учреждений и государственных организаций среднего образования), нерезиденты, осуществляющие деятельность в Республике Казахстан через филиал, представительство, индивидуальные предприниматели, лица, занимающиеся частной практикой, не зарегистрированные в качестве плательщика налога на добавленную стоимость в Республике Казахстан, по гражданско-правовой сделке, стоимость которой превышает 1000-кратный размер месячного расчетного показателя, установленного законом о республиканском бюджете и действующего на дату совершения такой сделки.
Настоящий подпункт применяется при осуществлении гражданско-правовых сделок между субъектами предпринимательства, за исключением случаев, когда покупателем является лицо, применяющее специальный налоговый режим на основе патента, упрощенной декларации или для крестьянских или фермерских хозяйств;
9) налогоплательщики - по услугам международной перевозки грузов.
При этом определено, что данные положения не применяются при реализации личного имущества физическим лицом, в том числе физическим лицом, являющимся индивидуальным предпринимателем или лицом, занимающимся частной практикой.

Внесены также поправки в пункт 13 статьи 412 Налогового кодекса, где определено, в каких случаях не требуется выписывать счет-фактуру:
 
Выписка счета-фактуры, за исключением случаев, предусмотренных подпунктами 2), 5) и 7) части первой пункта 1 статьи 412, не требуется в случаях:
1) реализации товаров, работ, услуг, расчеты за которые осуществляются:
наличными деньгами с представлением покупателю чека контрольно-кассовой машины и (или) через терминалы оплаты услуг;
с применением оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек;
2) реализации товаров, работ, услуг физическим лицам, расчеты за которые осуществляются электронными деньгами или с использованием средств электронного платежа;
3) осуществления расчетов через банки второго уровня, оператора почты за предоставленные физическому лицу коммунальные услуги, услуги связи;
4) оформления перевозки пассажира на железнодорожном или воздушном транспорте проездным билетом на бумажном носителе, электронным билетом или электронным проездным документом;
5) безвозмездной передачи товара, безвозмездного выполнения работ, оказания услуг физическому лицу, не являющемуся индивидуальным предпринимателем или лицом, занимающимся частной практикой;
6) оказания услуг, предусмотренных статьей 397 Налогового кодекса;
7) оказания услуг по деятельности казино, зала игровых автоматов, тотализатора и букмекерской конторы.
Положения подпунктов 1) и 2) части первой данного пункта не применяются в случае реализации товаров, работ, услуг лицам, указанным в пункте 1 статьи 436 Налогового кодекса.
 
В случаях, предусмотренных подпунктами 2), 5) и 7) части первой пункта 1 статьи 412 Налогового кодекса, налогоплательщик вправе производить выписку одного счета-фактуры по реализованным в течение дня товарам, расчеты по которым соответствуют условиям, предусмотренным подпунктами 1) и 2) части первой настоящего пункта.
 
Также установлено, что в случае приобретения товаров, работ, услуг у налогоплательщика, указанного в подпункте 8) части первой пункта 1 статьи 412 Налогового кодекса, получатель товаров, работ, услуг вправе в течение срока, установленного пунктом 2 статьи 413 Налогового кодекса, обратиться к поставщику данных товаров, работ, услуг с требованием выписать счет-фактуру, а поставщик обязан выполнить такое требование.

Также с 1 апреля 2021 года статья 242 НК РК дополняется пунктом 3-1 следующего содержания:

Вычеты по расходам по товарам, работам, услугам при их приобретении у лиц, указанных в подпункте 8) пункта 1 статьи 412 настоящего Кодекса, производятся при соблюдении положений пункта 3 настоящей статьи и наличия счета-фактуры в электронной форме, за исключением:
случаев, предусмотренных подпунктами 4), 5) и 6) пункта 13 статьи 412 настоящего Кодекса;
расходов по приобретению работ, услуг у нерезидента;
товаров, ввезенных на территорию Республики Казахстан с территорий государств-членов Евразийского экономического союза;
товаров, ввезенных на территорию государств-членов Евразийского экономического союза, подлежащих декларированию в соответствии с таможенным законодательством Евразийского экономического союза и (или) таможенным законодательством Республики Казахстан.
В случае, предусмотренном подпунктом 1) пункта 2 статьи 412 настоящего Кодекса, вычеты производятся при наличии счета-фактуры на бумажном носителе.
Для целей настоящего раздела дата выписки счета-фактуры не влияет на дату признания расходов.

Кроме того с 1 января 2021 года введено в действие дополнение в статью 264 НК РК:

Затраты, не подлежащие вычету:

... пп.22) расходы индивидуального предпринимателя, состоящего на регистрационном учете в качестве плательщика налога на добавленную стоимость, или юридического лица в пользу другого индивидуального предпринимателя, состоящего на регистрационном учете в качестве плательщика налога на добавленную стоимость, или юридического лица по гражданско-правовой сделке, оплата которой произведена за наличный расчет с учетом налога на добавленную стоимость, независимо от периодичности платежа, в сумме, превышающей 1000-кратный размер месячного расчетного показателя, установленного законом о республиканском бюджете и действующего на дату совершения платежа.